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JNI下C读写大小端和权限问题

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最近搞项目期间需要频繁的操作数据文件，之前都是用C进行操作，转到java的时候出现了一点小问题：
在Android平台上进行wave的特征重构，重构的wave文件希望使用C直接输入，因为这部分代码在PC上已经验证通过了。Android的话，Application的Context本身提供了openFileInput和openFileOutput，用于创建，写入存在目录/data/data/package_name/files/里面的文件。所以如果希望java能够读取C的输出文件的话，C在JNI部分的输出目录也应该是上面这个。

经过测试，C端的创建，写入均没有问题，java部分的读取也没有报错，只是第一次读取就失败。问题最终抽象成java读取二进制文件的问题。C端使用如下代码生成一个二进制文件

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for (short i = 0; i < 400; ++i)
      fwrite(&i, sizeof(short), 1, wav);

java上原先打算使用DataInputStream来操作的，毕竟他拥有一系列读取各种类型数据的函数，但是上例中使用readShort()并不成功。
什么情况下成功呢？如果使用DataOutputStream，写出来的文件可以被上述方式正确读取，而且也是二进制格式，于是我认为该方法可以普遍适用于二进制文件的读取。
后来也是受到了java读取wave文件的启发，先读取整块byte的buffer，之后转成相应的数据类型，如下：

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wavWriter.read(wav);
for (int i = 0; i < wav.length / 2; i++) {
    short s0 = (short) (wav[2 * i] & 0xff);
    short s1 = (short) ((wav[2 * i + 1] & 0xff) << 8);
    dat[i] = (short) (s1 | s0);
}

莫非这是传说中的大端小端问题？C直接读Java写的二进制文件也有问题，以short为例，转换代码如下，其实和上面是互逆的。

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for (int i = 0; i < FRAME_LEN; ++i)
{
    short s0 = val[i * 2] & 0xff；
    short s1 = val[i * 2 + 1] & 0xff;
    wav[i] =  (s0 << 8) | s1);
}

总而言之，四个关系中，交叉读取文件是需要进行格式转换的，java中的低位是C中的高位。如果java想直接读取C的二进制文件，在写C的时候，提前做好格式转换也是可以的，比如：

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short s0 = data[i] & 0x00ff;
short s1 = data[i] & 0xff00;
s0 = (s0 << 8);
s1 = (s1 >> 8);
data[i] = (s0 | s1);

另外，如果将文件写在应用的私有包目录之下，应用访问没用问题，但是想pull出来的时候，提示没有权限，所以想换个公有的目录访问。

现在的手机内部存储空间已经能满足大部分用户的需求了，所以少有支持外插SD卡的了，故基本认为存储空间为internal space，我想在/sdcard/目录下操作文件， errno依旧是permission denied。

但是其实adb shell进该目录之下，依旧可以创建删除文件。最终很奇怪，赋予了SD卡读写的权限之后

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<uses-permission android:name="android.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE" />
<uses-permission android:name="android.permission.READ_EXTERNAL_STORAGE" />

问题解决。
补充：后来发现在某些6.0的机器上的权限需要添加动态申请
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private static final int REQUEST_EXTERNAL_STORAGE = 1;
private static String[] PERMISSIONS_STORAGE = {
        Manifest.permission.READ_EXTERNAL_STORAGE,
        Manifest.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE,
};
int permission = ActivityCompat.checkSelfPermission(this, 
        Manifest.permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE);
if (permission != PackageManager.PERMISSION_GRANTED) {
    ActivityCompat.requestPermissions(this, PERMISSIONS_STORAGE, REQUEST_EXTERNAL_STORAGE);
}